Bahagian Integriti Suruhanjaya ditubuhkan berkuatkuasa pada 17 Oktober 2013 melalui keputusan Mesyuarat Lembaga Pengarah SKM Bil. 5/2013 yang bersetuju mengguna pakai Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 6 Tahun 2013 iaitu penubuhan unit integriti di semua agensi awam. Mesyuarat juga bersetuju untuk menggabungkan Unit Audit Dalam dan Unit Integriti dengan nama Unit dan Integriti dan Audit Dalam. Pada 27 Februari 2014, Mesyuarat Lembaga Pengarah SKM Bil. 1/2014 telah memutuskan untuk pengasingan di antara Unit Integriti dan Unit Audit Dalam. Unit ini telah ditukarkan kepada Bahagian Integriti pada Mei 2014. Penubuhan Bahagian ini merupakan usaha kawalan dalaman oleh agensi untuk menguruskan integriti dalam organisasi dan bertindak sebagai focal point kepada pengurusan isu-isu berkaitan integriti di semua agensi awam. Bahagian ini dibahagikan kepada dua (2) unit seperti berikut:
i. Unit Pengukuhan, Tadbir Urus & Pematuhan; dan
ii. Unit Pengurusan Aduan, Pengesanan, Pengesahan & Tatatertib
