Bahagian Integriti Suruhanjaya ditubuhkan berkuatkuasa pada 17 Oktober 2013 melalui keputusan Mesyuarat Lembaga Pengarah SKM Bil. 5/2013 yang bersetuju mengguna pakai Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 6 Tahun 2013 iaitu penubuhan unit integriti di semua agensi awam. Mesyuarat juga bersetuju untuk menggabungkan Unit Audit Dalam dan Unit Integriti dengan nama Unit dan Integriti dan Audit Dalam. Pada 27 Februari 2014, Mesyuarat Lembaga Pengarah SKM Bil. 1/2014 telah memutuskan untuk pengasingan di antara Unit Integriti dan Unit Audit Dalam.

Unit ini telah ditukarkan kepada Bahagian Integriti pada Mei 2014. Penubuhan Bahagian ini merupakan usaha kawalan dalaman oleh agensi untuk menguruskan integriti dalam organisasi dan bertindak sebagai focal point kepada pengurusan isu-isu berkaitan integriti di semua agensi awam. 

Objektif bahagian ini ialah untuk membentuk modal insan yang berkualiti, berpengetahuan, berkemahiran, beretika, berintegriti dan bertanggungjawab dalam menjalankan tugas selaras dengan Kod Etika dan Nilai-nilai Murni Suruhanjaya. Selain itu, objektif Bahagian ini adalah untuk memenuhi aspirasi Kerajaan ke arah pencapaian hala tuju agenda Integriti Nasional serta memastikan urus tadbir perkhidmatan awam yang cemerlang selaras dengan Pelan Integriti Nasional (PIN).

Bahagian ini berperanan untuk melaksanakan enam (6) fungsi teras seperti berikut :

Memastikan tadbir urus yang terbaik di laksanakan;

Memastikan pembudayaan, penginstitusian dan pelaksanaan integriti dalam organisasi;

Menjalankan pengesanan dan pengesahan ke atas aduan salah laku jenayah serta pelanggaran tatakelakuan dan etika organisasi serta memastikan tindakan susulan sewajarnya diambil dan melaporkan salah laku jenayah;

Menerima dan mengambil tindakan ke atas semua aduan mengenai salah laku jenayah serta pelanggaran tatakelakuan dan etika organisasi;

Memastikan pematuhan terhadap undang-undang dan peraturan yang berkuat kuasa; dan

Melaksanakan fungsi urus setia Jawatankuasa Tatatertib.